В июне 1961 года на берегу Юганской Оби в 2-х километрах от деревни Усть-Балык высадился отряд геологоразведчиков с бригадой плотников. Они заложили первую улицу нового рабочего поселка. Одна за другой в течение всего лета к берегу подходили баржи с новопоселенцами. В быстром темпе выстраивались дома будущих новоселов, которые сами производили внутреннюю отделку. Надо было успеть за короткое северное лето подготовить базу для экспедиции.
История
22 июня 1961 года на берегу Юганской Оби около Усть-Балыкских юрт высадился отряд геологоразведчиков, возглавляемый Михаилом Ивановичем Ветровым с бригадой плотников Карпа Ананьевича Иванченко (ныне Почётный гражданин города).
15 октября ударил первый нефтяной фонтан, затем были новые фонтаны. 18 декабря 1962 года из скважины Р-63 ударил фонтан с суточным дебитом нефти 800 тонн. Таких в Тюменской области ещё не было. После этого посёлок геологов стал бурно расти.
16 октября 1967 года Президиум Верховного Совета РСФСР издал указ «О преобразовании рабочего посёлка Нефтеюганск Сургутского района Ханты-Мансийского национального округа, Тюменской области в город окружного подчинения». После принятия статуса в январе 1968 года город Нефтеюганск встречал особого гостя — члена Политбюро ЦК КПСС, Председателя Совета Министров СССР Алексея Николаевича Косыгина. В конце 1960-х годов были построены первые каменные дома — были открыты ДК «Строитель», ДК «Юность», кинотеатр «Юган». Было начато строительство гигантского нефтепровода: Самотлор — Усть-Балык — Тюмень — Уфа — Альметьевск.
15 сентября 1977 года глава Министерства нефтяной промышленности Николай Алексеевич Мальцев подписал приказ о создании производственного объединения «Юганскнефтегаз».
В 1980 году был образован Нефтеюганский район с центром в городе Нефтеюганске. Город находится на острове между двумя рукавами Оби. Южный рукав, на берегу которого расположен город, называется протока Юганская Обь. 3 ноября 1984 года был открыт мост через протоку Юганская Обь, 16 сентября 2000 года введён в эксплуатацию мост через реку Обь — в прошлом связь летом осуществлялась паромом, а зимой — ледовой переправой.
В 1989 году начала вещание студия телевидения «Интелком», позднее вышла в эфир городская муниципальная телерадиокомпания «Юганск».
26 июня 1998 года киллерами был застрелен впервые всенародно избранный глава города Владимир Петухов. В 2014 году в память о В. Петухове был открыт бронзовый бюст на центральной аллее города.
В начале 2000-х годов «Юганскнефтегаз» стал принадлежать НК «ЮКОС». После аукциона 19 декабря 2004 года предприятие перешло в собственность нефтяной компании «Роснефть». Ныне это ООО «РН-Юганскнефтегаз», главное добывающее подразделение компании ОАО «НК „Роснефть“».
В 2000 году число жителей города превысило 100 тыс. человек, что сделало его крупнейшим городом округа (наряду с Сургутом и Нижневартовском).